股权激励计划与年薪制是企业进行高管激励的两个重要工具，两者既相互关联，又各有侧重，共同构成相对完善的企业激励约束机制。
在管理实践中，很多企业未能充分认识到两者之间的差异，在方案的制定上未能充分发挥各自的优势和兼容性，导致激励效果不尽如人意，并无形中增加了企业的激励成本。
因此，有必要对这两种激励模式进行比较分析。
1.激励时限不同
股权激励计划是一种长期激励，其有效期一般在3～5年，甚至有些企业的股权激励计划有效期长达8～10年，因此可以将高管的利益与股东和企业的长期利益相捆绑，实现企业长期利益的最大化。而高管年薪制是一种短期激励，其有效性仅为一年（一个财务年度），所有的奖励在当年或第二年即可兑现。
2.结构不同
股权激励计划的结构较为简单，一般由一种或多种股权项构成，高管可通过分红或出售股票等方式获利，从而形成对高管的物质激励。而高管的年薪一般由基本年薪和绩效年薪两部分组成，其中基本年薪按月发放（月工资），用于保证高管的基本生活，一般只与岗位相关，与业绩无关。绩效年薪一般表现为年终奖金的形式，年底一次性发放，主要与业绩挂钩，与岗位关联度不大。
3.激励形式不同
股权激励，顾名思义，是以股权的形式进行激励，如将分红权、配股权、资本升值收益权、股票交易权等一种或多种股权项授予高管，高管可以通过行使相关权利获利（分红或股票买卖差价）。而年薪一般是以现金的形式对高管进行激励，即通过每月发放工资或年底发放年终奖金等形式来激励高管，激励效果比较确定和明显。
4.激励条件不同
不论股权激励还是年薪制，都是与业绩挂钩的，高层管理人员需要完成一定的业绩目标方能获得相应的奖励。但两者的业绩条件是不同的。一般来说年薪制的业绩条件要低于股权激励的业绩条件。
大体来说，基本年薪是无业绩条件的（仅与岗位相关），绩效年薪有一定的业绩要求，而股权激励则有着较高的业绩要求。
5.激励幅度不同
正是由于两者的激励条件难易不同，所对应的风险不同，由此对应的风险收入（即激励幅度）也就不同。一般来说，股权激励的激励幅度要远远大于年薪幅度，近年来，国际上一些大型企业，其高管的股权激励收益甚至数倍、数十倍于年薪收入，也正是由于这种收入上的巨大差距方能体现股权激励的激励效果。
6.适用对象不同
股权激励适用范围较广，一般包括董事、监事、高管以及核心骨干员工。尤其是近年来，在国内上市公司中，越来越多的核心骨干员工被纳入股权激励计划之中。企业中享受股权激励计划的核心骨干员工，其人数往往数倍于高管和董事的人数。
而年薪制一般仅适用于高管人员，即总监及以上职位的企业管理人员，包括CEO、COO、CFO、CTO、CMO等。在实际操作中，考虑到核心骨干员工与公司总体业绩的直接相关性较小，因此很少有企业对核心骨干员工实施年薪制。
企业在制定高管激励约束机制时，往往会将年薪制作为实施股权激励计划的前提条件，即企业先实行年薪制，只有年薪制不足以激励高管时，再导入股权激励计划来加大激励力度。因此，股权激励计划作为高管总体薪酬结构中的有机组成部分，可以看作是年薪制的延伸。